Die Kinder sollen erkennen, dass die Gebote, Gesetze und Verhaltensregeln, die an der Michael-Sattler-Schule gelten, ihren Sinn durch das Doppelgebot der Liebe bekommen: „Du sollst den Herrn, deinen Gott, lieben mit deinem ganzen Herzen und mit deiner ganzen Seele und mit deiner ganzen Kraft und mit deinem ganzen Denken, und deinen Nächsten wie dich selbst!“ (Lk. 10,27); es ist zugleich Maßstab, an dem alles (Verhalten, Ordnungen, Strukturen) zu messen ist.
Die Begabungen der Kinder sollen an der Michael-Sattler-Schule so gut wie möglich gefördert werden, ohne jedoch die Kinder zu überfordern. Vielmehr soll ihnen auch geholfen werden, sich mit ihren Grenzen und Schwächen annehmen zu können. Jedes Kind ist als Geschöpf Gottes wertvoll, unabhängig von seiner Leistung. Das bedeutet auch, dass ein Leistungsverständnis, das durch Prestige- und Konkurrenzdenken bestimmt wird, verfehlt ist.
Von der Bibel her ergibt sich auch unser Verständnis der Gehorsams- und Gewissenserziehung, da die Bibel in allen Fragen absolut gültig und höchste Autorität ist. Der Gehorsam des Glaubens wirkt befreiend. In falschem Gehorsam kann sich der Mensch von anderen missbrauchen und unselbständig machen lassen. Am Beispiel vertrauensvollen Gehorsams gegenüber Menschen soll das Kind Gehorsam gegenüber Gott lernen. Deshalb soll das Gewissen der Kinder durch das Wort Gottes gebildet werden.